Череп летающих ящеров достигал сравнительно больших размеров. Как правило, он имел удлиненную форму и был по-разному заострен. Ось черепа образовывала с осью позвоночника почти прямой угол. У старых особей черепные кости срастались между собою, благодаря чему швы становились очень неясными. Таким срастанием костей черепа летающих ящеров напоминают черепа птиц. В глазницах имелось кольцо тонких костных квадратных или прямоугольных пластинок — так наз. склеротикальное кольцо, которое предохраняло белок глаза. Мозг летающих ящеров был заключен в очень маленькую черепную коробку и был очень похож на мозг птиц. Широкая квадратная кость была прочно сращена с черепом. Непарная межчелюстная кость иногда разрасталась в удлиненный беззубый клюв. Зубы, если они были развиты, были простыми и сидели в углублениях (так наз. альвеолах). Наиболее сильно развитые зубы находились впереди. Расстояния между зубами, как правило, были неодинаковыми; у некоторых летающих ящеров (птеродактилей) они были расположены перпендикулярно к оси челюстей, а у других (рамфоринхов) были направлены вперед. Более крупные и сильные зубы, иногда торчавшие также в стороны, служили для ловли и удержания добычи. Наибольшее количество зубов имелось у летающего ящера Ctenochasma: его челюсти были снабжены 360-ью гребневидно расположенными зубами. Некоторые летающие ящеры (например Pteranodon) были беззубы.
Позвоночник летающих ящеров состоял из 8 или 9 шейных, 10–15 спинных, 4–0 крестцовых и из 10–40 хвостовых позвонков. Первый шейный позвонок срастался со вторым. Часто шейные позвонки несли короткие ребра. Первые 13 спинных позвонков имели ребра с двумя головками. Развиты были также так называемые брюшные ребра. Грудная кость сердцевидной формы была широкая и была снабжена высоким килем, к которому были прикреплены летательные мышцы; иногда эта кость (например у птеранодона) была недоразвита. Лопатки были длинные, немного искривленные. Ключица отсутствовала. Три тазовые кости были сращены. Хвост был длинный или очень короткий.
Летающие ящеры подразделяются на две больших группы: Rhamphorhynchoidea (длиннохвостые летающие ящеры) и Pterodactyloidea (короткохвостые летающие ящеры). Мы познакомимся с представителями обеих групп.
Один из прекрасно сохранившихся скелетов летающих ящеров (Rhamphorhynchus phyllurus) из позднеюрских плитчатых известняков Эйхштетта в Баварии, на котором отчетливо виден отпечаток перепонки, а на конце хвоста отпечаток широкой лопасти. (Уменьшено в 4 раза. Скелет хранится в музее в Нью-Хейвен в штате Коннектикут в США.)
Серая завеса утреннего тумана застилала живописные окрестности лагун позднеюрского моря Баварии.
Золотой диск солнца, поднимающийся из розовой колыбели облаков где-то далеко над восточным горизонтом, своими лучами прорезал туман и начал его разгонять, заставляя стлаться по земле и водной глади лагун. Вскоре туман совсем рассеялся. В прозрачном утреннем воздухе, озаренном светом и теплом восходящего солнца, местность засияла во всей своей красе.
Жизнь проснулась.
Большие стрекозы, проголодавшиеся после долгой ночи, летали вдоль берега лагуны, утоляя голод мелкими насекомыми. Стрекоза, поймав древнюю поденку, села на нависший над водой лист цикадового растения и съела свою добычу. Покончив с ней, она снова взлетела и стала продолжать охоту. Полетав некоторое время над водой, она вдруг стремглав кинулась к берегу и скрылась в низких цикадовых зарослях. Она спасалась от удивительного ящера с длинными узкими крыльями и длинным хвостом, на конце которого находилась кожная лопасть ромбической формы. Ящер совершенно не обратил внимания на стрекозу. Покружив над водой, он вдруг упал камнем и через мгновение поднялся с пойманной рыбой, трепетавшей между острыми зубами его длинной пасти. Проглотив рыбу, ящер снова стал кружить над водой, выслеживая стайки рыб ради новой жертвы. Рамфоринх не был один. Много других ему подобных ящеров ежедневно посещали это место, богатое рыбою.
Большинство летающих ящеров имело вытянутый по краям череп и клювообразную пасть, усеянную зубами, форма, величина и количество которых у различных родов и видов было различно. На первой таблице (влево наверху) изображена голова ящера вида Dorycnathus banthensis с большими росшими вбок зубами в передней части челюстей. Этот ящер жил в раннюю юру; остатки его скелета были найдены в Гольнмалене в Вюртемберге. У ящера вида Scaphognathus crassirostris также были сильно развиты передние зубы, росшие перпендикулярно; остатки его скелета были найдены в позднеюрских золенгофенских плитчатых известняках Баварии. На второй таблице (вправо наверху) изображена голова ящера из рода Ctenochasma, пасть которого была усажена большим числом мелких и длинных зубов гребенчатой формы. Остатки скелетов этих ящеров были найдены там же. У ящера вида Pterodactylus elecans (вправо внизу) имелись маленькие мелкие зубки в передней части челюстей. (Головы ящеров изображены в различных масштабах.)
Характерными особенностями рамфоринхов были: длинный хвост, длинные узкие крылья и большой, вытянутый вперед череп с челюстями, усеянными зубами. Длиннохвостые ящеры, жившие на Земле лишь в юрский период, в геологическом отношении древнее, чем короткохвостые и ширококрылые ящеры (птеродактили).